Game kể về câu chuyện của một người đàn ông tên là Jack Carver (Stephen Dorff lồng tiếng). Carver là cựu quân nhân của Hải quân Mỹ đã bị sa thải một cách không trung thực sau một số hành động bất hợp pháp. Sau đó, anh ta mở một cửa hàng ở Manhattan và bắt đầu cung cấp vũ khí bất hợp pháp cho bất kỳ ai và mọi người, cho đến khi một băng đảng thực hiện một đợt tiến công sử dụng vũ khí do Jack cung cấp để chống lại người thừa kế Mafia. Do đó, một cái giá đã được Mob đặt lên đầu Jack và anh ta buộc phải chạy trốn khỏi nước Mỹ và định cư ở Micronesia.

Carver mua được một chiếc thuyền đã qua sử dụng từ một cuộc đấu giá của chính phủ và dành thời gian chở khách du lịch và câu lạc bộ lặn quanh khu vực. Cuối cùng, một người phụ nữ tên Valerie Cortez xuất hiện, chi một khoản tiền lớn nếu Jack đưa cô đến một quần đảo xa xôi có tên là "Jacutan". Carver chấp nhận dù tỏ ý thận trọng.

Khi vừa đặt chân đến Jacutan, Cortez mượn chiếc mô tô nước từ Jack và tự mình đi ra ngoài. Chưa kết hôn, Jack quyết định ngủ trưa cho đến khi cô trở về. Khi tỉnh dậy, Carver giật mình khi thấy trực thăng UH-60 Black Hawk bay quanh thuyền của mình. Họ nổ súng vào Jack, phá hủy thuyền và buộc anh ta phải nấp bên trong một tàu sân bay Nhật bị đắm gần đó.

Vào lúc này, người chơi bắt đầu nhập cuộc chơi. Sau một màn chỉ dẫn ngắn gọn, người chơi có được một chiếc tai nghe và được hướng dẫn bởi một giọng nói bí ẩn tự xưng là "Doyle". Hóa ra, Cortez là một phần của CIA và đến giải cứu Doyle. Doyle thực hiện một nhiệm vụ vạch trần các công trình của một nhà khoa học điên tên là Tiến sĩ Krieger. Krieger, cùng với cánh tay phải của hắn, một cựu sĩ quan của Apartheid tên là Đại tá Richard Crowe, đang cố gắng phát triển một loại huyết thanh giúp tăng cường khả năng thể chất của con người và "mở khóa" các đặc điểm của động vật ẩn giấu.

Doyle thuyết phục Carver tìm kiếm và giải cứu Cortez, người đã bị Crowe và lính đánh thuê bắt giữ. Trong khi bảo vệ Cortez, Carver bị Crowe bắt theo lệnh của Tiến sĩ Krieger, kẻ lưu ý sự tháo vát và ngoan cường của Carver và quyết định anh ta sẽ là một đối tượng thử nghiệm phù hợp. Carver được tiêm huyết thanh và chuyển đến khu vực quan sát khi anh hồi phục sớm và trốn thoát và phát hiện ra, anh bị sốc, rằng anh có "khả năng hoang dã" mới, như tăng tốc độ, nhìn xuyên đêm và kỹ năng cận chiến dữ dội.

Cùng với sức mạnh hoang dã là một bộ cấy được thiết kế để điều chỉnh tác dụng của huyết thanh và cho phép sử dụng vũ khí chuyên dụng để chống lại Carver. Doyle ra lệnh cho Carver tìm đường đến vị trí của Doyle, để cấy ghép có thể được gỡ bỏ. Trên đường đi, Carver phải ngăn một lập trình viên máy tính đánh thuê giải mã một chiếc PC bỏ túi thuộc về Cortez, từ đó sẽ phá vỡ vỏ bọc của Doyle. Rơi xuống một boongke cũ của quân đội Nhật thời Thế chiến II để ngăn chặn việc giải mã, Jack bị những tay lính đánh thuê dồn vào chân tường khi anh ta cố gắng trốn thoát. Carver rút lui qua một khu khai thác mỏ ngầm cũ và làm theo chỉ dẫn của Doyle đến cơ sở nghiên cứu chính. Carver sau đó tìm đường đến cơ sở, nơi anh phát hiện ra mức độ công việc của Krieger và những con quái vật đột biến mà hắn đã tạo ra. Khi ở trong khu cứ địa này, Carver phát hiện ra Crowe đang tập hợp các dị nhân với mục đích không xác định và sau đó, cuối cùng anh gặp Doyle và được lấy bộ cấy ghép ra khỏi người. Sau khi loại bỏ mô cấy ghép, Jack bắt đầu thể hiện sự tiến hóa không kiểm soát được; về mặt trò chơi, adrenaline làm giảm khả năng của Carver và anh ta có được khả năng mang và sử dụng vũ khí gắn kết như súng máy cỡ nòng.50.

Khi Jack trốn thoát khỏi khu nghiên cứu, anh phát hiện ra rằng Crowe đã lấy Doyle và huyết thanh đột biến và phóng thích đám dị nhân trong một âm mưu phản bội Krieger. Jack phải chiến đấu giữa cuộc chiến giữa lính đánh thuê của Crowe, đám đột biến hoang dã và một nhóm biệt đội tinh nhuệ dưới quyền chỉ huy cá nhân của Krieger, theo lệnh "thanh tẩy" quân đội của Crowe. Giải cứu Doyle xong xuôi, Carver mới phát hiện ra rằng Crowe đã tự tiêm một liều gấp bốn lần huyết thanh mà Jack nhận được và không cần cấy ghép. Đảm nhận quyền kiểm soát các sinh vật "Alpha", những dị nhân hung bạo và thông minh nhất có khả năng tương tự như của Jack, Crowe đã đi thẳng vào cơ sở hoạt động của Kreiger. Jack đi theo và giao chiến mở đường máu đến biệt thự của Tiến sĩ Krieger trên đỉnh một ngọn núi lửa đang hoạt động, nơi anh đánh bại Crowe bị biến dạng về thể chất. Krieger, trong nỗ lực chiến đấu đến cùng hòng sử dụng Alpha chống lại Jack, nhận ra rằng bây giờ họ xem Jack là thủ lĩnh của họ do chiến thắng của anh trước Crowe. Đám dị nhân bất phục tùng Tiến sĩ Krieger và giết chết hắn, coi hắn ta là mối đe dọa đối với Jack, và do đó cho phép anh ta trốn thoát khi núi lửa phun trào. Jack có thể rút lui lên một chiếc trực thăng Black Hawk do Cortez và Doyle lái, với lời hứa sẽ trả tiền cho một chiếc thuyền mới để thay thế chiếc bị phá hủy của anh ta; Doyle cũng hứa rằng họ "có thể làm tốt hơn" và đưa một cái hộp kim loại cho Jack, người mở nó ra và cười một cách khó hiểu về những nội dung vô hình khi chiếc trực thăng bay đi.

Game bao gồm các yếu tố chủ đề tinh tế liên quan đến sự nguy hiểm của kỹ thuật di truyền và nạn diệt chủng của dân địa phương trên đảo, có thể được nhìn thấy bởi các sinh vật dị dạng do Krieger tạo ra. Ngoài ra, một bối cảnh bí ẩn liên quan đến khủng long được tiết lộ thông qua radio trong game đôi khi sẽ mang các chương trình thảo luận về lịch sử của khủng long và khả năng một số vẫn còn sống. Điều này được phát triển thêm bằng sự xuất hiện của các loài động vật giống thằn lằn (trông giống khủng long nhỏ) cư trú trong các khu rừng trên đảo. Địa hình trong Far Cry: Instincts thay đổi rất nhiều. Nằm trên một quần đảo Nam Thái Bình Dương, cảnh quan bao gồm các khu rừng mưa nhiệt đới, rừng rậm dày đặc, hẻm núi cao chót vót, mỏ, đầm lầy và thậm chí là rừng dưới chân núi lửa.